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Die Malteser Jugend ist wie die katholische Kirche in Diözesen (Bistümer) gegliedert. In allen Bistumsstädten ist eine mit hauptamtlichen Mitarbeitern besetzte Diözesangeschäftsstelle der Malteser vorhanden, hier sind auch die Diözesanjugendreferate der Malteser Jugend zu finden.
Die Organisationsebenen sind wie folgt definiert: Ortsebene, Kreis- und Bezirksebene, Diözesanebene, Landesebene und Bundesebene. Kreis-, Bezirks- und Landesebene sind staatliche Organisationsebenen, meist mit zur Außenvertretung zugeordneten Funktionen (z.B. Kreisjugendsprecher, Landesjugendreferent), sie haben jedoch keine weisungsberechtigte Funktion.